При использовании для баз отдельного раздела накопителя в корне этого раздела содержится директория lost+found, и соответственно при просмотре баз эта директория отображается в листинге всех баз данных. 
Собственно - это не так страшно, но многие программы резервного копирования будут создавать пустой дамп этой псевдо базы. И он будет постоянно болтаться у вас под руками.

Выглядит это так :
show databases;
+---------------------+
| Database            |
+---------------------+
| #mysql50#lost+found |

Есть два варианта избавиться от этой проблемы:
1) перенести директорию БД в субдиректорию на этом разделе:
[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql/subdirectory

2) использовать опцию игнорирования директории:
[mysqld]
ignore-db-dir=lost+found

На мой взгляд второй вариант более простое и предпочтительное решение